Ho MapSource in versione 6.14 con installato le "poche" mappe che vedi (ho formattato da poco), ma a parte il refresh lento risolvibile con una scheda video migliore il programma legge tutte le mappe come prima......
Riguardo al ripristino di configurazione al post n° 19 di questo
3d c'é qualcuno che suggerisce la stessa cosa
Cmq secondo me la miglior cosa da fare nel tuo caso è quella di disinstallare tutto (compreso le chiavi di registro) e reinstallare tutto cominciando proprio dall'NT2009 e proseguire ad installare il resto delle mappe in tuo possesso.
Modalità elencata