Non ho mai provato la F650 GS, tuttavia, sono moto ad indirizzo differente.
Se vuoi approfondire il discorso fuori strada, ok. Se no, non credo che ne valga la pena.

Non ha nemmeno un senso se sei alto e stai stretto sulla 650, dato che la distanza sella/pedane è identica (la 800 è più alta di sospensioni).
Sono "comode" uguali (cupolino a parte, che avrai comunque già cambiato e che cambieresti anche sulla 800), vibrano uguali, consumano poco uguali.. La 800 avrà l'anteriore inevitabilmente un po' più pesante, un po' meno coppia e più allungo. Migliore forcella, a occhio si.
Per il resto, se giri per strada, credo che sia solo oggettivamente un pelo peggiore..

Poi, se hai la scimmia per l'estetica e vorresti qualche accessorio in più tipo ESA e ASC, presenti (opzional) dalle 2013 in avanti e vuoi farti l'ABS (di serie dalla 2013 in poi), allora ok. Ma non cercare alibi.

Di sicuro la 800 va comunque benissimo lo stesso e guadagni ABS e (dipende) qualche pulsante. Ma perdi i cerchi tubeless.
Piuttosto, non facendo fuoristrada, cercherei una 700, che ha qualche CV più della tua e tutti i vantaggi della 800 2013, ma con i cerchi tubeless.
Questo è il mio pensiero, naturalmente. Ho avuto la 800 (2013) ma non la 650. È quindi una considerazione a metà, oltre che sicuramnte soggettiva.
Comunque, se cerchi qualcosa di sostanzialmente più potente, non credo che la 800 possa farti accendere il sorriso, visto il motore piuttosto tranquillo e lineare.

Ciao!