Hai fatto fare un lavoro inutile, ma che male non ha fatto di certo.
Quel rumore che hai sentito sono i tendicatena non ancora in tensione. Ci vuole un po' perché l'olio vada in pressione e li raggiunga. Si verifica particolarmente dopo un fermo prolungato (in quanto si svuotano).
Sembra che la moto si smonti...poi via via il rumore scompare.
Per quanto riguarda il discorso temperatura, non ti devi assolutamente preoccupare. 5 / 6 tacche è normale. Specie se la usi nel traffico, dove può andare anche oltre. In questo caso, a 7 tacche meglio spegnerla, quando sei fermo.
A Roma sono arrivato ad 1 tacca dalla zona rossa. Spenta e lasciata raffreddare un po'