Sulla mia che aveva la eprom Bordino il battito in testa risultava evidente, proprio come lo descrivi tu (come se ci fossero dei sassolini nei coprivalvole), soprattutto in sesta tra i 100 ed i 120Km/h superati i quali andava via liscia. Il battito nel mio caso si presentava solo in caso di alte temperature ambientali accompagnate da discreti valori di umidità, quindi solo in estate... Nel tuo caso, sei non hai rimappato, potrebbe essere lievemente peggio ma non credo.
Però fossi in te smetterei di smontare mezza moto alla ricerca di un pezzo vibrante e mi rassegnerei, non è poi così grave