La vesione R della 990 Superduke avrà di serie le pinze radiali, una serbatorio dalla capace di contenere 4 litri di carburante in più, un frontale completamente ridisegnato sul quale vedremo una nuova strumentazione, nuovi specchi, frecce e faro anteriore a led.
Sarà inoltre dotata di parti in carbonio che fanno da contorno al telaio nel classico colore arancione Ktm.